Агентство, с 2002 года получившие более 330 миллиардов рублей в виде инвестиций от государства, обвиняют в низкой эффективности, а его продукты открыто называют совершенно не нужными рынку. В частности, Счетная палата России подвергла жесткой критике работу Агентства по ипотечному жилищному кредитованию, оценивая результаты ее работы в рамках проведенного аудита эффективности реализации стратегии развития вверенной АИЖК области сроком до 2030 года. Члены комиссии сделали заключение о том, что ряд программ, реализацией которых занимается агентство, до сих пор остается попросту невостребованными. Уже известно, что коллегия Счетной палаты начинает подготовку письма президенту России, а также первому заместителю российского правительства Игорю Шувалову.
Аудитор Андрей Перчян считает, что сопоставление объемов рефинансирования закладных агентства с рыночными результатами свидетельствует о недостаточно высокой роли и авторитете АИЖК. Рост же рынка специалист склонен объяснять работой нескольких крупных банков России. Напомним, что с 2009 года суммарный объем выдачи кредитов на первичном рынке российского жилищного ипотечного кредитования демонстрировал уверенный рост. Так, если по итогам 2009 года было выдано около 130 кредитов, то в 2013 году аналогичные показатели составили более 800 тысяч. В то время, как число кредитов, оформленных ведущими российскими банками, продолжало увеличиваться, показатели рефинансирования кредитов АИЖК, напротив, падали. Соответствующая информация приводится в материалах, подготовленных специалистами Счетной палаты. В частности, в них отмечается, что в 2010 году таких кредитов было выдано 48 тысяч, а по итогам 2013 года было оформлено около 33 тысяч.
Также аудиторы критикуют деятельность АИЖК, которую оно ведет на вторичном рынке. Среди прочего, объем ценных ипотечных бумаг все еще остается несущественным: сегодня он составляет не более 11 процентов от суммарного объема оформленных кредитов.Кроме того, АИЖК не удалось достичь даже трети так называемого планового значения.
Агентство обвиняется и в невыполнении указов президента России, подписанных им в мае текущего года. Напомним, речь идет о формировании специальных программ кредитования для отдельных категорий граждан. Из представленных АИЖК продуктов только два являются разработанными специально под внедрение в рамках реализации программ кредитования отдельных категорий граждан. Их востребованность остается очень низкой. Доля выкупных закладных не превышает 0,01 процента от суммарного объема. Помимо всего прочего, с целью выкупа закладных АИЖК, как известно, использовало небанковские организации, а также региональных операторов. По сути, речь идет о посредниках, комиссии и платежи которым, по итогам оцениваемого периода, составили не менее 6 миллиардов рублей.